L'histoire continue de suivre les aventures des membres principaux de la Section 9 : Motoko Kusanagi, Batou et Togusa. La série conserve un format épisodique et montre la Section 9 confrontée à des enjeux politiques tels que la crise des réfugiés et des intrigues nucléaires. Une autre institution gouvernementale, le Bureau d'information du Cabinet, s'oppose frontalement à eux, tandis qu'une organisation terroriste se faisant appeler les « Onze Individus » entre en scène.